O Centro de Tecnologia e Recursos Naturais divide-se em: Secretaria Administrativa e Unidade Gestora

A Secretaria Administrativa encarrega-se de atribuições relacionadas a recursos humanos como: Concursos Públicos, Progressões/Promoções Funcionais, Afastamentos, Férias etc.

Já a Unidade Gestora é responsável pela parte financeira do Centro, sendo composta pelos seguintes setores: Gestão Financeira, Gestão Contábil, Gestão de Almoxarifado e Licitação.

O CTRN conta ainda com duas Assessorias: a Assessoria de Pesquisa e Extensão e a Assessoria de Monitoria.